Jeżeli dodaliśmy już naszą domenę możemy dokonać zmian w jej ustawieniach - np. wybrać domenę domyślną (katalog public_html w głównym drzewie katalogów będzie kierował do niej), włączyć lub wyłączyć obsługę połączenia szyfrowanego SSL lub zmienić nazwę domeny, czy też wersję PHP, która będzie używana do działania strony. W tym celu klikamy w link "Konfiguracja domen" w panelu DirectAdmin - otworzy nam się okno z listą podpiętych do konta domen.

Można tam dodać/usunąć domenę, zmienić nazwę istniejącej. Uwaga! Usuwając domenę - skasowane zostaną również wszystkie usługi dotychczas dodane dla tej domeny: strony, konta pocztowe itp.
Aby przejść do ustawień wybranej domeny klikamy w jej nazwę.

Formularz ustawień podzielony jest na 3 sekcje:

• Zarządzanie przydziałami transferu i dysku, włączanie/wyłączanie obsługi SSL, skrytpów CGI i PHP.
• Wybór katalogu dla strony w trybie SSL - czasami możemy chcieć by inna strona uruchamiała się przez HTTPS, a inna przez zwykły protokół HTTP. W większości wypadków jednak wskazane jest używanie drugiej opcji, gdzie strona ładuje się z tego samego katalogu.
• Wybór wersji PHP - można tu ustawić wersję PHP, która ma być używana przez naszą stronę.